מרכז פרויד לחקר הפסיכואנליזה הוקם בשנת 1978 על ידי פרופ' יוסף סאנדלר. פרופ' סאנדלר היה הפסיכואנליטיקאי הראשון שהופקד על הקתדרה לפסיכואנליזה על שם זיגמונד פרויד, אשר הוקמה ביוזמתה של אנה פרויד ובשיתוף האיגוד הפסיכואנליטי הבינלאומי. פרופ' סאנדלר הקים את מרכז פרויד כדי שישמש כבסיס המעשי למימוש המטרות לשמן נוסדה הקתדרה.

מאז ועד היום מרכז פרויד מקיים את הפעילויות הבאות:

• הענקת מלגות לסטודנטים החוקרים פסיכואנליזה תיאורטית ויישומית. מספר מרשים של עבודות דוקטורט ועבודות תזה נעשה בתמיכתו ובחסותו של המרכז. לעתים נושא העבודה נגע לא רק לפסיכואנליזה אלא גם לתחומים אחרים, כגון האמנויות, הספרות והתרבות. רבים מהמחקרים פורסמו כספרים ומאמרים בספרות המקצוע.

• ארגון ימי עיון, מפגשים וכנסים בינלאומיים, חלקם ביוזמת המרכז ואחרים בשיתוף פעולה עם ארגונים אחרים. כגון, החברה הפסיכואנליטית בישראל, המרכז הירושלמי לאתיקה במשכנות שאננים, בית הספר לעבודה סוציאלית ועוד.

• יצירת שיתופי פעולה בינלאומיים, המקדמים את מחקר בנושאים פסיכואנליטיים ובפרט בפסיכותרפיה בגישה פסיכואנליטית.

• אירוח פסיכואנליטיקאים מכל רחבי העולם שבאים לתת הרצאות, סמינרים, התייעצויות וקורסים לתלמידי האוניברסיטה ולקהילה הפסיכואנליטית בישראל.